Immunsystemet består af en medfødt og en erhvervet del
Den medfødte del er uspecifik og yder øjeblikkelig beskyttelse mod fremmede mikroorganismer, f.eks. virus og bakterier.
Den erhvervede immunitet er mere kraftfuld og mere specifikt rettet mod de mikroorganismer, som det medfødte immunsystem tidligere har mødt. Dette fungerer ved at immunsystemet danner specifikke immunceller og antistoffer, som er parate til at bekæmpe disse mikroorganismer, hvis de kommer igen.
Vacciner har netop deres effekt på det erhvervede immunsystem, så det danner de ønskede antistoffer og immunceller mod de uønskede sygdomme, som vi har vaccineret imod, f.eks. kennelhoste.
Når en hvalp fødes får den modermælk fra modertæven. Hvis modertæven er vaccineret, så indeholder modermælken antistoffer, der beskytter hvalpen i de første 8-12 uger af dens liv.
Hvalpen kan først selv danne antistoffer, når de moderlige antistoffer ikke længere beskytter. Dette er årsagen til at man ikke må vaccinere for tidligt i hvalpens liv, da man så ikke opnår den ønskede effekt af vaccinen.